三个月宝宝睡觉老摇头，可能为头部湿疹引起。宝宝头部出现湿疹时可引起头皮瘙痒，会导致睡觉不踏实，出现频繁摇头的现象，目的是通过摇头的方式摩擦头皮，缓解头皮瘙痒不适。

也可能是由于睡眠环境不舒适引起，比如室内温度过高或者给孩子盖的被褥过厚，都可导致宝宝头部出汗较多。如果家长没有及时发现，没有及时将头部的汗液擦拭干净，汗液的刺激作用引起头皮瘙痒，也会出现频繁摇头的现象。

此外，还可能为钙质和维生素D缺乏，导致宝宝神经兴奋性增高，致使睡觉时头部多汗，睡觉不安稳也会引起频繁摇头。