沙门氏菌感染与胃肠型感冒的病因不同。

首先，沙门氏菌感染主要是由寄生在机体肠道当中的革兰阴性杆菌，也就是沙门氏菌引起。而胃肠型感冒多是由于机体在上呼吸道感染的同时，受到柯萨奇病毒感染，导致的消化系统症状。

另外，二者的治疗也有一些差别，沙门氏菌感染应积极纠正电解质紊乱，如果出现轻度脱水，需要给予口服补液治疗，有必要还需给予糖皮质激素。若出现局部化脓感染，可以选择加替沙星、环丙沙星、头孢他啶等抗生素进行治疗。而胃肠型感冒，可以应用藿香正气胶囊进行治疗，能够起到清热解毒的功效。