跑步后膝盖疼痛可能是由于以下原因引起的：

1.最重要也是最常见的原因是过度运动导致的关节暂时性损伤，但并未引起损伤实质性组织结构。

2.相对常见的原因是跑步后膝关节滑膜炎，在膝关节外侧引起疼痛。

3.膝盖疼痛另外一部分原因是膝盖关节外侧半月板的损伤。跑步后，可能会损坏膝关节的半月板。

因此，在跑步后出现膝盖疼痛，通常要避免进行过多的跑步活动，并且在跑步前要进行热身，在跑步后，可以在膝盖关节上施加3-5分钟的冷敷，缓解疼痛症状，适当服用软骨营养药物，以避免膝关节软骨半月板过早变性，导致膝关节骨关节炎。