长时间骑自行车后膝盖疼，可以应用活血止痛营养软骨的药物，也可以做理疗、休息，避免剧烈运动。

长时间骑自行车后膝盖疼，这种情况考虑是关节的劳损，或者是关节软骨磨损造成的。所以，可以口服活血止痛的药物，比如壮骨关节丸，也可以口服双氯芬酸钠缓释片，应用营养软骨的药物，比如硫酸氨基葡萄糖，或关节注射玻璃酸钠。可以采取理疗的方法，比如超短波理疗或红外线理疗。在治疗的同时也要注意休息，避免剧烈的运动，注意关节的保暖。

通过以上的治疗方法，膝关节疼痛会明显地好转。