跑步后膝关节痛可以进行以下治疗：

第一，要早期停止跑步，同时注意休息，避免跑步之后膝关节痛进一步加重。

第二，可以口服或外用药物治疗。可以口服消炎止痛的药物，以及外用止痛的贴膏或者是膏药进行止痛的治疗。

第三，物理治疗。可以用微波理疗和远红外线的理疗，可以减轻局部的炎症，缓解膝关节的疼痛。

第四，要查明膝关节疼痛的原因，根据不同的原因进行不同的治疗。如果是由于膝关节周围韧带的炎症而导致，可以局部封闭治疗。如果是由于膝关节炎而导致的疼痛，可以口服营养软骨以及中成药物进行治疗。

膝关节疼痛要早期诊断，查明原因，早期治疗，必要时进行膝关节的核磁共振检查进一步确诊。