跑步时肌肉拉伤要进行以下的处理：

第一，在拉伤的早期要制动，这样能够防止拉伤的肌肉进一步的损伤加重。

第二，在早期要进行冷敷，可以用冰冻矿泉水或冰块对于拉伤的肌肉进行冷敷，这样能够起到早期的止痛、止血、消肿的作用。

第三，外用药物的治疗，可以在受伤时外喷云南白药喷雾剂，在急性期过后可以外用膏药来贴敷，促进肌肉拉伤的恢复。

第四，口服药物的治疗，在早期可以口服止痛的药物，比如美洛昔康、塞来昔布、氨酚待因片。在急性期过后可以口服活血化瘀、续筋接骨的药物进行治疗。

肌肉拉伤要早期的休息，避免早期的活动，这样能够有利于拉伤肌肉的修复，所以跑步时肌肉拉伤要及早地处理，及早治疗。