跑完步膝盖会隐痛的原因，主要有以下两个方面：

1.可能在跑步的过程中姿势不正确，或者是跑步的时间太长。导致膝关节的半月板、韧带、关节囊或者是周围的肌肉出现慢性损伤，这种情况就会有隐痛的感觉。

2.可能有肌腱炎或者是半月板损伤或者骨性关节炎，或者髌骨软化症。这些疾病在跑完步以后，也会导致膝关节出现隐痛的现象发生。

所以如果出现这种情况比较频繁，一定要到医院做一个检查。比如膝关节的核磁，能够明确诊断，早日治疗。