患者跑完步后，膝盖发生疼痛，常因为以下原因导致：

第一，考虑患者在跑步后，由于过于剧烈，造成膝关节的肌肉、韧带发生损伤，也可能导致半月板发生损伤。此时存在局部的无菌性炎症，可以引起发生局部疼痛症状，并伴有肿胀发生。患者需要积极地进行休息，避免继续活动。针对疼痛，可以口服非甾体类的消炎镇痛药物，进行止痛治疗。

同时，还可以配合外敷膏药，都可以促进症状恢复。

第二，考虑患者有骨性关节炎或者类风湿性关节炎。这种情况下，患者进行剧烈的跑步运动之后，也会造成疼痛发生，还需要进行详细的检查，明确诊断之后，积极地给予有效治疗。